Combinando información de expresión diferencial y genotipado a genoma completo para redefinir regiones QTLs conocidas por su relación con calidad de carne en vacuno.

Abstract

Con el objetivo de profundizar en los mecanismos que afectan a las diferencias de calidad de carne entre músculos se han combinado diferentes fuentes de información: resultados de expresión diferencial (DE) con microarrays en los que se encontraron 204 genes diferencialmente expresados entre el músculo M. flexor digitorum (morcillo) y M. psoas major (solomillo), genotipado con chips de alta densidad de SNPs de 397 terneros de raza Avileña- Negra Ibérica y 958 regiones QTL encontradas hasta ahora para caracteres de calidad de carne. El 78% de los SNPs en el chip estaban inicialmente contenidos en las regiones QTL. Cuando se consideraban regiones QTL que contenían genes DE, el número de regiones involucradas disminuyó a 276. Se han identificado 173 genes DE como candidatos posicionales a explicar las diferencias en calidad de carne. Finalmente, al considerar las regiones genómicas asociadas a QTLs de calidad que contenían los genes DE entre músculos se pudo reducir notablemente el número de SNPs implicados. Como ejemplo, para terneza, flavor y jugosidad, tres caracteres identificados como prioritarios por los consumidores, se seleccionaron 1092, 3046 y 2103 SNPs asociados, respectivamente.